Odmiana liczby kopii i wyniki falszywie dodatnich badan prenatalnych

Zastosowanie bezkomórkowego DNA (cfDNA) uzyskanego z macierzyńskiego osocza do wykonywania nieinwazyjnych badań prenatalnych zostało szybko włączone do opieki nad kobietami w ciąży, które są obarczone dużym ryzykiem aneuploidii płodu. W przypadku kobiet o niskim ryzyku niższa częstość występowania aneuploidii płodowej powoduje niższe wartości predykcyjne dodatnie (PPV). Ponieważ PPV są w dużej mierze oparte na swoistości, zmniejszenie odsetka wyników fałszywie dodatnich spowoduje wzrost PPV. Snyder i wsp.1 ostatnio wykazali, w jaki sposób matczyne warianty liczby kopii mogą przyczyniać się do fałszywie pozytywnych wyników generowanych przez nieinwazyjne badania prenatalne. Ponownie przeanalizujemy wcześniej wygenerowane dane z sekwencjonowania z kohorty ogólnego ryzyka w badaniu porównawczym oceny ryzyka Aneuploidy2 (CARE) 2 przy użyciu zaktualizowanego algorytmu analitycznego stosowanego w laboratorium klinicznym Illumina od 2013 roku. Tabela 1. Tabela 1. Udoskonalenia algorytmów i redukcja wyników fałszywie dodatnich. Obecny algorytm ma dwie podstawowe modyfikacje: dodanie większej liczby etapów normalizacji dla pokrycia subchromosomalnego i zastosowanie filtrowania, tak aby zliczenia poboczne wynikające z subchromosomalnych matczynych wariantów liczby kopii były nieuwzględnione w ogólnym wyniku z (więcej informacji można znaleźć w Dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego listu na stronie). Aby ocenić, czy mozaiki fetoplacentalnej mogą leżeć u podstaw wyników fałszywie dodatnich, porównaliśmy frakcje płodu pochodzące z liczby sekwencji z chromosomu X i przypuszczalnie dotyczyły autosomów (13, 18 i 21) w przypadkach, w których płód był płci męskiej.3 W badaniu CARE , przeanalizowaliśmy wyniki uzyskane od 1914 kobiet i uzyskano 11 wyników fałszywie dodatnich dla cfDNA.2 Reanaliza spowodowała tylko 6 przypadków, dla których zmieniono klasyfikację: we wszystki ch przypadkach, połączenia wykryte aneuploidii zmieniono na brak wykrycia aneuploidii (tabela 1). Spośród nich 3 przypisano ulepszonym etapom normalizacji, a 3 przypisano obecności matczynych wariantów liczby kopii. Jeden matczyny wariant liczby kopii był duplikatem na chromosomie 18p, a dwa były duplikacjami na chromosomie 13q (patrz Rys. S1 w Dodatku Uzupełniającym). W przypadku 5 przypadków, w których klasyfikacja nie uległa zmianie (aneuploidia została ponownie wykryta), nie było dowodów na matczyny wariant liczby kopii. Zamiast tego wyniki sekwencjonowania były zgodne z autosomowym przyrostem liczby kopii. W 3 przypadkach frakcja płodu z chromosomu aneuploidalnego była mniejsza niż oczekiwana w przypadku trisomii, co sugeruje mozaikę. Ponieważ analizy kariotypu nie były wykonywane na niemowlętach ani na łożyskach, zgodnie z projektem badania, nie można było potwierdzić 2 przypadków, w których podejrzewa się mozaikę. Wszystkie niemowlęta mia ły normalne badania fizyczne. Ponowna analiza za pomocą zaktualizowanego algorytmu spowodowała zwiększenie PPV dla trisomie 21 i 18: 63% (5 z 8) i 67% (2 z 3), odpowiednio. W porównaniu z 46% (5 z 11) i 40% (2 z 5) przy użyciu poprzedniego algorytmu 2 i 4% (3 z 72) i 8% (1 z 12) przy użyciu standardowego badania biochemicznego. 2 PPV dla trisomii 13 wzrosło z 25% (1 z 4) do 50% (1 z 2). Ponowna analiza danych CARE sugeruje, że istnieją powody zarówno techniczne, jak i biologiczne dla oryginalnych wyników fałszywie pozytywnych, w tym mozaikowy i matczyny płodu i warianty w liczbie matczynych kopii. Ciągła poprawa w informatyce doprowadzi do poprawy wydajności testu w sekwencjonowaniu cfDNA. Darya I. Chudova, Ph.D. Amy J. Sehnert, MD Illumina, Redwood City, Kalifornia Diana W. Bianchi, MD Tufts Medical Center, Boston, MA Obsługiwane przez Illumina. Formularze ujawnień dostarczone przez autorów są dostępne wraz z pełnym tekstem tego listu na stronie. 3 R eferencje1. Snyder MW, Simmons LE, Kitzman JO, i in. Odmiana liczby kopii i fałszywie dodatnie prenatalne wyniki badań aneuploidalnych. N Engl J Med 2015; 372: 1639-1645 Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline 2. Bianchi DW, Parker RL, Wentworth J, i in. Sekwencjonowanie DNA w porównaniu do standardowego badania prenatalnej aneuploidii. N Engl J Med 2014; 370: 799-808 Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline 3. Rava RP, Srinivasan A, Sehnert AJ, Bianchi DW. Krążące frakcje DNA pozbawione komórek płodowych różnią się pod względem autosomalnych aneuploidii i monosomii X. Clin Chem 2014; 60: 243-250 Crossref Web of Science Medline Materiał uzupełniający (4) [patrz też: leczenie dzieci, klinika stomatologiczna warszawa, lekarze ]

[podobne: megamed bełchatów, olx pińczów, gineintima test ph ]